区别主要表现为以下几个方面：

　　(1)考查能力：五大基本能力是相同的。但《申论》侧重于整体性，是政策理论和宏观方向上的，《综合应用能力》属于角色扮演类，侧重某一领域的某一件事情的处理，相对具有一定的微观考察特征，主观性更强，考察的难度加大，对考生的能力要求更高，需要考生把理论体系和实际经验结合起来。

　　(2)考试题型：《综合应用能力》考试包括除了《申论》中基本题型外，还增加了辨析题、校阅改错题、认证评价题、科技文献阅读及科技实务题等。就应用文这一方面来说，我们都知道它包括公文和事务性文书，《申论》一般在小题里考查公文写作，而《综合应用能力》可能会在大题里考查事务性文书写作。

　　(3)材料呈现：《申论》一般是一个长材料，然后考核小题和大题，而《综合应用能力》一般是几个短些的材料，每一个材料后边有一道或两道小题或大题。《申论》比较容易出现热点和焦点类话题，而《综合应用能力》一般不会出现，即使出现，一般也是从微观方面切入考察。而《综合应用能力》当中的B、C两类材料要求专业性更强。

　　(4)答题难度：申论侧重于考查政治热点和焦点问题，材料相对集中。《综合应用能力》由于材料较少，出题更灵活，考核范围更加广泛，这也给了考生更多的发挥空间，主观性更强，所以难度更大一些。

　　(5)解题思路：《申论》侧重对材料的掌控，强调细抠材料，从材料中找答案，申论解决问题的对策，往往要立足于材料的内容、精神和主旨，材料提供了核心思想。而《综合应用能力》在立足材料的基础上，更强调方式和方法和自我认知理解能力。《申论》相对强调抄材料，而《综合应用能力》在多数时候没什么太多可抄的内容。

　　(6)适用范围：《申论》考试面向公务员，考查社会共性问题，比如环境保护、教育改革、共享单车等，更多侧重考核考生的政治敏感度，对政策的把握，属于方向性。而《综合应用能力》考试面向事业单位，考查考生在某一领域内实际解决问题的能力，专业性更强，处理具体问题，需要做到具体问题具体分析。比如2016年10月事业单位的考试当中就涉及到公共自行车的社会问题，是围绕城市公共自行车实际发生的问题进行考查的。《综合应用能力》更多考查的是微观执行层面的，对具体事务的处理能力。